经历第一集中的腥风血雨之后，伯恩(马特·达蒙 饰)终于找到了自己的身份，他就是CIA特工大卫·韦伯，现在他和自己的女友化名隐身在一个偏僻遥远的海滨小镇，享受着两人世界的甜蜜和宁静。虽然伯恩不愿意回视过去，但“过去”却一直都在追随着他，他们不会让让这样的宁静保持下去，依靠职业养成的灵敏嗅觉，伯恩发现秘密组织的杀手已经潜入小镇，为了保护女友玛丽•克鲁兹(弗兰卡·波腾特 饰)，他没有选择，必须战斗。
是一起国际政治刺杀事件让CIA重新审视已经失踪的伯恩的档案，一名某大国政要被职业杀手刺杀，刺杀者留下的证据显示他的名字叫“杰森·伯恩”，这是大卫·韦伯从前在中央情报局的化名。于是大卫·韦伯不仅仅要防备秘密组织暗地里的追杀，还要避开时刻寻找他的CIA特工。在上一集中和伯恩并肩作战的尼科莱特(茱莉娅·斯蒂尔斯 饰)信任伯恩，但她发现自己也身陷困境，CIA的高层上司怀疑她与伯恩合谋，并且认定伯恩现在已经成为了他们的头号敌人。事态似乎变得越发失去控制，四面楚歌的“伯恩”现在只有单枪匹马地去找出那个冒充自己的人，洗刷自己和尼科莱特的清白……